Prvi franjevci u Iloku spominju se već 1343. godine, a prva franjevačka crkva u Iloku, koja je dijelom i u osnovi današnje crkve, završena je već 1349. godine u gotičkom stilu. Tu su crkvu 1468. godine dogradili na današnju dužinu, a kasnije je i barokizirana.
Temeljita historicistička rekonstrukcija (restauracija) crkve u neogotičkom stilu, provedena je od 1906. do 1912. prema projektima arhitekta Hermana Bolle-a. Na koncu je 1913. izgrađen i sadašnji toranj prema projektu istog arhitekta, nova zvona postavljena 1927. godine, a crkva posvećena 12. rujna 1921.
Više o franjevačkom samostanu i crkvi u Iloku vidi: http://www.ofm.hr/lokacija/ilok-zupa-sv-ivana-kapistrana/